Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Плагин не пишет ID пакета, вот клиент не может понять чё там ему за пакет внутри канала пришёл.
SimpleNetworkWrapper не лучшее решения для общения с плагинами, с ним работать надо уметь. Есть другие, более старые и примитивные api для работы с пакетами.
ГПТ в случае майна мало чем полезен будет. Узкая ниша, мало инфы, большой разброс по коду в разных версиях. Он только по Java может помочь, с её богатой историей и стабильностью.
Увы, не выйдет всё совмещать по времени. Либо занимаетесь полноценно модом, либо управлением проектом.
Куча ошибок - это классика. В майне на любой чих что-нибудь ломается...
На каждый jar может быть только один файл mcmod.info. Если несколько модов упакованы в один jar, их все следует перечислить в одном mcmod.info. Неспроста корневой элемент структуры файлов является массивом.
Там команду просит ввести в консоли для подтверждения удаления больше не существующих блоков/предметов. Ещё подтверждение можно дать, добавив аргумент в строку запуска сервера (он тоже указан в этом сообщении).