На сколько я понимаю, если мы хотим подключать аспекты к уже существующим скомпилированным классам, мы должны запускать наше java приложение с javaagent'ом. Если говорить о обфускации, то код аспектов должен легко обфусцироваться, но может возникнуть проблема с тем что точки подключения аспектов...