Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
О существовании GuiContainer#isMouseOverSlot и GuiContainer#func_146977_a я знаю. Я не понимаю как их переопределить и что в них писать. Помогите пожалуйста
Просто переопределяешь в своём GUI метод isMouseOverSlot() предварительно скопипастив его, меняешь значения аргументов 3 и 4 (ширина/высота слота).
Неужели это так сложно!? Потому что Java и ООП хорошенько надо учить!