Так метадата у итемстака разная, проверяй мету предметов во входной сетке крафта
~~~
За мету отвечает поле data
Вот пример рецепта, где ожидается предмет с метой 2
Mod adds a variety of things related to The End and Teleportation. - EndersMagic/EnderMagic
github.com