Сабж мертв, но все же напишу, вдруг кому-то пригодится
1) Некоторые предметы можно отключать через config, если автор мода решил сделать предмет опциональным
В данном случае лезем в конфиги
2) Можно залезть в сам мод (джарник) и найти в /data/recipes нужный рецепт и просто его удалить
2.1) Использовать сторонние модификации позволяющие отключать\включать рецепты
3) Если есть исходники мода, то можно найти место, где предмет регистрируется (чаще ModItemRegister.class), и просто закоментировать строку регистрации данного предмета.
Но стоит учесть, что если что-то зависит от этого предмета к коде - то все зависимости надо перепесать\удалить