В классе net.minecraft.world.World есть метод public getSkyColor, который согласно примечанию рассчитывает цветовую гамму неба, там же есть getFogColor, работающий с самим затемнением (если я не ошибаюсь), да и в принципе, всё подходящее для этого дела находится в классе World. Просто заходим в класс, нажимаем Ctrl + F, и вводим "Rain", и тут же увидим всё, что пригодится в работе.
А вот что ты будешь с этим делать, решать уже тебе, самостоятельно вызывать и изменять нужное через какие-то ивенты, или что по-изощрённей. Я не силён в изменении фундамента ванилы, поэтому конкретные пути не подскажу.