Просто возьми, распакуй все моды или прочитай их как архив (.jar же это же по-факту .zip архив из скомпилированных классов и ресурсов к ним). Можешь автоматизировать.
Алгоритм такой:
1) Распаковка .jar-ника (или чтение его как .zip архив).
2) По пути assets
получай папочку textures
.
3) Ну а далее просто из items
берёшь .png-шки и закидываешь в свою программу. При желании можешь прочитать модели предметов и наложить на них текстуры.