Кароч, покопавшись в доках forge нашел решение:
minecraftLibrary("org.luaj:luaj-jse:${luaj}") //тот же lua для примера
Тот же implementation, но с добавлением в runtime.
Для запихивания в jar продолжу использовать Shadow.
Единственная реализация Lua которую я нашёл вот, но на данный момент...