Если хочешь, чтобы данные передавались быстро и менее ресурсозатратно - Пайпы (тык), но на чистой жабке (без нативных библиотек), насколько я знаю, нельзя создать новую пайпу, зато можно читать и писать в уже созданную.
Если твоё второе приложение на C#, в котором есть поддержка пайпов, или на...