Грузишь из конфига (желательно строку), сплитишь сначала по ";" - разные коорды, потом по " " - x,y,z, потом через Integer.valueOf получаешь цифры и сохраняешь их в какой-нибудь контейнер, будь то Vec3, ChunkCoordinates или ещё куда, после чего при спауне рандомом достаешь любой набор и делаешь...