Создаёшь мапу <BlockPos, IBlockState> подгружаешь в нее структуру из NBT,
потом как надо проверить построенную структуру, циклом перебираешь область в мире где должна быть структура,
локализуешь координаты относительно структуры, по этим координатам получаешь IBlockState из мапы и сверяешь с...