Во-первых, никто не мешает требуемую версию(версии) мода указать в главном классе, во-вторых, для поиска файлов есть PathMatcher с регулярками. Способ, конечно, выглядит немного подозрительно, а как ещё может выглядеть попытка залезть в чужой жарник и всё переделать?)