А, понял. Ну, во первых да, тебе не нужно очищать рендерчанки, либо копировать renderChunks себе и рисовать через откопированный список.
Во вторых, может быть проблема в multModelViewMatrix()
Плюс, анбинд буффера может играть роль в конце
Хз, тут точно не скажу
Надо пробовать вырезать участки...