Во-первых, ты можешь сделать 1 огромный, сжатый файл.(смотри WAV из Doom I/II)
Во-вторых, можно подгружать папку, как дефолтные ассеты.
public void loadAssetsFromDir(File dir) {
HashMap<String, Object> map = new HashMap<>();
map.put("modid", MODID);
map.put("name", dir.getName())...