Только что возникла такая же проблема (правда на версию gradle разве что жалоб не было), помог данный совет + в меню редактирования конфигурации я сначала выбрал classpath, который заканчивается на main, а затем очистил поле MainClass, затем начал вписывать "GradleStart", он увидел искомый класс...