Yatopia это же Bukkit API, для модов есть сырой Mohist.
Алсо, как вариант, берешь и модами реализуешь все то, что реализовано плагинами. Сложнее конечно, но зато никакие API тебя не ограничивают.
Добавлю: у Mohist есть форум, там они даже выпускают специальные версии плагинов и модов...