На своем сервере, используя мод Custom NPC, заметили довольно тупую проблему - если нпс был убит в чанке, который позже выгрузился до его возрождения, то при следующем заходе в чанк, когда нпс уже должен был возродиться, клиент его просто не видит.
Так же, если убить нпс, выйти из чанка...