Ты знаешь, где должна генериться структура? Если да, то проверяй, что текущий чанк, для которого вызывается генерация является подходящим, и генерируй только в этом случае
WorldSavedData, там булев, который означает сгенерировалась ли структура в мире.
А если я снесу структуру, выделю чанки и вызову //regen (world edit), структура не перегенерируется - баг