ТСу советую очень хорошо подумать, перед тем как пытаться параллелить сервер кубача: действительно ли нужно, чтобы эта тысяча игроков была в едином игровом мире? Не лучше ли просто поставить что-нибудь вроде BungeeCord и раскидать игроков на несколько серверов под общим адресом, и синхронизировать между этими серверами данные которые нужно синхронизировать?
Это на порядки проще, а чтобы распараллелить сервер нужно переписать примерно с нуля все серверное ядро и все моды. Из известных мне крупных проектов этого не делал никто, а проект автора той статьи на хабре много лет как мертв (возможно, потому что инвестировать столько времени в переписывание ядра кубача было бессмысленно?)
Сохранение мира тем временем давным-давно в отдельном потоке, на 1.4.7 тоже должно быть. Генерация вроде как нет, но если размеры мира ограничены (что в любом случае является хорошей идеей), то ничего не мешает заранее сгенерировать весь мир.