В общем суть
история с Mod Loader'ом продолжается, в общем обнаружилось что:
Классы я загружаю через ClassLoader#defineClass, и что самое интересное объект Class<?> главного класса мода, работает абсолютно правильно и логично то-есть если я запрошу у него getAnnotation или isInstance то будет...