В API - в том, какой программный интерфейс предоставляется разработчику (API - например, Forge, Fabric, ModLoader, LiteLoader - их обычно создают третьи лица). Отличия могут быть небольшими, например, между 1.7.2 и 1.7.10 с Forge переход почти неощутим, в то время как между 1.7.10 и 1.12.2 пропасть большая. Что-то может быть удалено, что-то может быть переименовано, переделано и добавлено. Например, в старых версиях нет моделей в формате .json, но это только верхушка айсберга.
Также может меняется и программная архитектура самого Minecraft - не всегда значительно, но этот аспект следует учитывать.
