Исправление ошибок в чужом моде мало отличается от исправления ошибок в своем коде. Так что такой гайд не нужен. К тому же видов ошибок очень много и рассказать обо всех почти невозможно.
По моему действовать нужно в таком порядке:
1) Поискать ошибку в багтрекере/форуме мода (если он есть), если ошибки в багтрекере нет, то написать автору мода (багтрекер, форум, почта...).
1.1) Автор мода ответил и исправил, все хорошо.
1.2) Автор мода не отвечает или кормит завтраками:
1.2.1) Мод с открытым исходным кодом - исправляем ошибки и отправляем изменения автору.
1.2.2) Мод с закрытым исходным кодом - деобфусцируем, подключаем мод как библиотеку, проблемные классы декомпилируем и исправляем.