Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Конечно. Сначала найти все, входящее в параллелепипед, потом отсеять от них все, что нежелательной стороны от плоскости сечения сферы, потом проверить расстояние от центра до сущности, чтобы отсеять все вне сферы