Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Есть папка в мире region. Там все данные чанков. Структуру можешь посмотреть через NBTExplorer.
Через CompressedStreamTools читаешь, залазишь в тайлы, детектишь предметы, удаляешь эти таги и сохраняешь обратно.