Насколько я знаю она хранит исходники в двух разных папках. Видит их и в той и в другой, но работает (пишет и читает) только с одними. Тебе надо узнать где вторая папка (та, с которой работает). У меня было такое когда-то (даже не помню из-за чего).
Я делал так:
У меня была прога (написана на C# в visual studio), которая следила за изменениями в файловой системе.
Я ею и воспользовался. Я запустил ее, зашел в eclipse, создал новый класс и посмотрел в проге, где создался файл. Сейчас той проги не осталось (уж больно баганая она была), но есть новая переделанная версия, которая следит еще и за процессами. Она правда под Net Framework 4.5. И тоже вылетает иногда.
(C# разработчик из меня плохой). Если тебе нужно можешь скачать тут:
https://yadi.sk/d/V-90bO65oQe7P
или с форума (я прикрепил архив сюда)
Интерфейс простой, думаю разберешься. (выделяешь изменение, смотришь в первом textbox'e, если оно, жмешь location (оно покажет файл))
Конечно велосипедный способ: вероятно эта папка где-то указана в настройках eclipse'а, но искать ее там гораздо дольше (по-моему).
Если кто то знает где именно она указана - подскажите.
