Так как я начал играть в майнкрафт ещё до того как у меня появился урок геометрии, я всегда думал что так и должно быть.
ИМХО. Я даже сейчас высоту указываю как у. Ну мне так удобно, я всегда сначала представляю мир двухмерным(х=ширина, у=высота), а потом уже перевожу его в трёхмерный где z=длина/глубина.