Тот же Twilight Forest генерирует не сами сущности, а спавнера с ними, которые заспавнят сущность и самоуничтожатся при загрузке чанка. Хороший вариант, если хочешь закрепить сущность за определённой позицией в структуре. Я не особо понял задачу про перегенерирование и деспавн, но думаю дал...