int i = 6000; // Продолжительность грозы в тиках (тут 5 минут).
// world используй из места откуда ты меняешь погоду, у тебя это, скорее всего, onItemUse.
WorldInfo worldInfo = world.getWorldInfo();
worldInfo.setRainTime(i);
worldInfo.setThunderTime(i);
worldInfo.setRaining(true);
worldInfo.setThundering(true);