Всё, что рендер (GUI, модельки, рендер, кейбинды) - в папочку "client"
Всё, что осталось (блоки, предметы, мобы, тайлы) - в папочку "server"
Профит!
Если нужны две версии - вырезаем из клиента ВЕСЬ функционал (всё, что в if (!world.isRemote)
например), а из сервера ВЕСЬ рендер.
Профит! x2